国家蛋白质科学研究（上海）设施（简称蛋白质设施）是“十一五”国家重大科技基础设施项目，是全球生命科学领域首个综合性的大科学装置。设施分为海科路园区和位于上海光源的“五线六站”两个部分，2008年由国家发改委批复，2014年建成，2015年通过国家验收正式开放。
蛋白质设施包括用于蛋白质研究的九大技术系统，集成了用于不同空间和时间分辨率蛋白质结构和功能分析的各种大型仪器和设备，形成了完备的蛋白质研究先进装备体系，是探索生命奥秘的国之利器。
截至目前，蛋白质设施总计为用户提供有效机时近70万小时，服务用户达3万多人次，已吸引了国内外研究院所、高等院校、医药和生物技术公司等300多家单位的研究人员前来开展前沿科学研究，已取得一系列重要科研成果，发表SCI论文千余篇，包括在《自然》、《科学》、《细胞》上发表论文56篇。蛋白质设施在基础和应用基础研究中的科技支撑作用已日益凸显。
