国家蛋白质科学研究（上海）设施（以下简称：蛋白质设施）是国家“十一五”规划建设的国家重大科技基础设施项目，是全球生命科学领域首个综合性的大科学装置。蛋白质设施集成了具有不同空间和时间分辨率的仪器和设备，形成了蛋白质研究的先进体系，在分析精度、检测极限和处理通量上均取得了突破。蛋白质设施与诸多大科学设施一起，从地理位置上进一步加深了张江高科技园区的区域集成化优势，为生命科学基础研究的原始创新成果积累、生物医药健康产业发展起到了积极而重要的推动作用。

　　项目建设立项时的科学目标是：依托“上海”光源开展蛋白质结构生物学相关研究，分析蛋白质修饰和相互作用，研究蛋白质的分子活体成像，阐释蛋白质与小分子之间的相互作用机理；以新药物靶点的发现为突破口，结合创新药物的发展，研究蛋白质药物新靶标的功能活动的结构特征。

　　作为国家级的重要创新研究基地，蛋白质设施在支撑生命科学基础研究、推动重大科研成果产出、解决经济社会发展和国家安全重大科技问题等方面成果显著，蛋白质设施自2015年全面面向国内外高校、科研院所以及企事业单位的用户开放，截至2023年底，蛋白质设施已为用户提供有效机时98.9万小时，服务实捡人员包括清华大学、复旦大学、中国科学院生物物理研究所、中国科学技术大学、上海科技大学、中国科学院福建物构所、广州生物医药与健康研究院、厦门大学，香港大学以及一大批国家医药和生物技术公司在内420多家单位的研究人员前来开展前沿科学研究，其中包括来自美国、英国、法国、西班牙、日本等国家的优秀科学家。蛋白质设施用户、运维技术团队取得了一系列的重要科研成果，截至2023年底，共发表3313篇成果，包括在《自然》《科学》《细胞》上发表论文109篇。