根据2008年中国科学院党组(扩大)会议和中国科学院-上海市政府院市合作协议精神，中国科学院与上海市政府共同建设上海高研院。经过3年筹建，上海高研院15万平方米科研用房建成并投入使用，近1.5亿元的科研装备到位并运行，建成交叉前沿与先进材料、信息科学与技术、空间科技、能源与环境、生命科学与技术5个研究部，集聚形成了一支近800人的海内外高层次人才队伍。研发团队中全职博士海内外比例保持在1比1，荣获上海市首批“海外高层次人才创新创业基地”。

上海高研院承担了国家重大科技专项、科技部“863”、“973”、科技支撑计划、中科院战略性先导专项、知识创新工程重大项目、上海市重大科技项目等各类科技创新项目195项，打造了包括宏观量子现象研究平台、城市公共安全平台、农产品生命周期信息管理平台、储能技术研发平台、干细胞与再生医学研究平台等16个优势研发平台。同时，将立足长三角地区经济社会发展资源优势，为战略新兴产业提供集成技术解决方案，探索科技与经济、教育、金融、文化结合的发展模式，成为具有国际竞争力的集研、产、学、用为一体的多学科交叉综合性科教机构。